Mientras, y con el fin de mantener esto vivo, les sugiero revisar la siguiente liga sobre como escribir artículos científicos. Nada que ver con qPCRs pero muy útil para aquellos que y tenemos que escribir y revisar textos reportando investigación. En este texto el Dr. Borja aborda los distintos aspectos de la escritura y revisión de artículos.
http://www.elsevier.com/connect/writing-a-science-paper-some-dos-and-donts?sf8195043=1
Saludos y espero sea de utilidad.
viernes, 27 de marzo de 2015
martes, 24 de febrero de 2015
Volúmenes a utilizar en reacciones de qPCR
Lento, esto va lento...
Actividades varias y procrastinación han mantenido esto muy atrasado. En fin, trataré de continuar.
Cabe mencionar que, aunque logremos observar un solo producto en el gel de agarosa después de hacer un PCR de punto final con los oligos diseñados, eso no es garantía de que estos oligos funcionarán en el qPCR.
Continuamos con la idea de usar el SYBR green para estas cuantificaciones, pero esta estandarización se debe hacer también cuando se usa otro tipo de moléculas reporteras. Actualmente hay muchas variantes de reactivos que contienen SYBR green, tantas como casas comerciales existen. Hasta donde sé, y puedo equivocarme, el estándar de oro es el reactivo de Applied Biosystems. Sin embargo, el mismo es muy caro y existen alternativas más económicas. Lo conveniente es pedir kits de prueba para determinar si un determinado reactivo nos será útil o no. Claro, este debe probarse con una reacción que sabemos funciona.
En general, los reactivos que actualmente se venden son "mezclas maestras" al 2X. Esto es, que contienen todos los reactivos necesarios para usarse inmediatamente y solo se requiere adicionar los oligos, el DNA y agua.
¿Qué volumen usar? Aunque en general los fabricantes recomiendan usar reacciones de 50 ul, se pueden usar volumenes más pequeños y así ahorrar el reactivo. Por supuesto que esto dependerá del aparato que se empleará. En el laboratorio hemos disminuido el volumen hasta 10 ul, con lo cual tenemos más reacciones por frasco de reactivo 2X usando los aparatos de Qiagen y de Applied Biosystems.
Ya con el reactivo, el aparato de PCR en tiempo real y los oligos hay que hacer una curva de concentración de DNA.
Será lo siguiente, espero que no dentro de mucho!!
Preguntas? comentarios? adelante!
Actividades varias y procrastinación han mantenido esto muy atrasado. En fin, trataré de continuar.
Cabe mencionar que, aunque logremos observar un solo producto en el gel de agarosa después de hacer un PCR de punto final con los oligos diseñados, eso no es garantía de que estos oligos funcionarán en el qPCR.
Continuamos con la idea de usar el SYBR green para estas cuantificaciones, pero esta estandarización se debe hacer también cuando se usa otro tipo de moléculas reporteras. Actualmente hay muchas variantes de reactivos que contienen SYBR green, tantas como casas comerciales existen. Hasta donde sé, y puedo equivocarme, el estándar de oro es el reactivo de Applied Biosystems. Sin embargo, el mismo es muy caro y existen alternativas más económicas. Lo conveniente es pedir kits de prueba para determinar si un determinado reactivo nos será útil o no. Claro, este debe probarse con una reacción que sabemos funciona.
En general, los reactivos que actualmente se venden son "mezclas maestras" al 2X. Esto es, que contienen todos los reactivos necesarios para usarse inmediatamente y solo se requiere adicionar los oligos, el DNA y agua.
¿Qué volumen usar? Aunque en general los fabricantes recomiendan usar reacciones de 50 ul, se pueden usar volumenes más pequeños y así ahorrar el reactivo. Por supuesto que esto dependerá del aparato que se empleará. En el laboratorio hemos disminuido el volumen hasta 10 ul, con lo cual tenemos más reacciones por frasco de reactivo 2X usando los aparatos de Qiagen y de Applied Biosystems.
Ya con el reactivo, el aparato de PCR en tiempo real y los oligos hay que hacer una curva de concentración de DNA.
Será lo siguiente, espero que no dentro de mucho!!
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